เมื่อ พ.ศ. 2424 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เกิด เหตุการณ์อหิวาตกโรคระบาดชุกชุม ในครั้งนั้นทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งโรงพยาบาลชั่วคราวในที่ชุมชนรวม 48 ตำบล ครั้นโรคร้ายเสื่อมถอยลง โรงพยาบาลจึงได้ปิดทำการ หากแต่ในพระราชหฤทัยทรงตระหนักว่าโรงพยาบาลนั้น ยังประโยชน์บำบัดทุกข์ บำรุงสุขให้พสกนิกรและผู้อยู่ใต้ร่ม พระบรมโพธิสมภาร แต่การโรงพยาบาลนั้นเป็นการใหญ่ จำเป็นอยู่ที่ต้องมีคณะกรรมการเพื่อจัดการโรงพยาบาล ให้สำเร็จ

ดังนั้นเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2429 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรง พระกรุณาโปรดเกล้าฯ  แต่งตั้งคณะกรรมการจัดสร้างโรงพยาบาลขึ้น เพื่อดำเนินการก่อสร้างโรงพยาบาล ถาวรแห่งแรก ณ บริเวณวังของกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข (วังหลัง) ทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำ เจ้าพระยา โดยพระราชทานพระราชทรัพย์เป็นทุนแรกเริ่มในการดำเนินการ ...ในระหว่างที่เตรียมการ ก่อสร้างโรงพยาบาลนั้น สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ พระราชโอรสในพระองค์ อันประสูติจากสมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ ได้ประชวรด้วยโรคบิดสิ้นพระชนม์ลงเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2430 ยังความอาลัยเศร้าโศกแห่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ยิ่งนัก ถึงกับทรงมี พระราชปณิธานอย่างแรงกล้าที่จะให้มีโรงพยาบาลขึ้น ครั้นเสร็จงานพระเมรุแล้ว ทรงพระกรุณา โปรดเกล้าฯ ให้รื้อโรงเรือนและเครื่องใช้ต่าง ๆ ในงานพระเมรุนำไปสร้างโรงพยาบาล ณ บริเวณวังหลัง นอกจากนี้ยังพระราชทานทรัพย์ส่วนของสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ฯ แก่ โรงพยาบาลอีกด้วย

ในระยะแรกคณะกรรมการจัดสร้างโรงพยาบาล ได้จัดสร้างเรือนพักผู้ป่วยขึ้น 6 หลัง และเมื่อ วันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2431 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ทรงพระกรุณาเสด็จพระราชดำเนิน ทรงประกอบพิธีเปิด และพระราชทานนามว่า “โรงศิริราชพยาบาล” หรือที่ชาวบ้านนิยมเรียกว่า “โรงพยาบาลวังหลัง” โดยทำการบำบัดรักษาผู้ป่วยไข้ทั้งแผนปัจจุบันและแผนโบราณของไทย และทุก ๆ วันที่ 26 เมษายนของทุกปี จึงถือเป็นวันคล้ายวันพระราชทานกำเนิดโรงพยาบาลศิริราช โรงพยาบาลหลวงแห่งแรกของประเทศไทยที่มีอายุยืนยาวที่สุด

เมื่อเริ่มให้บริการในช่วงแรก ๆ เรียกได้ว่าแทบจะไม่มีผู้ป่วยมารับการตรวจรักษา เพราะเป็น การแพทย์สมัยใหม่แบบตะวันตก  ประชาชนยังไม่เชื่อถือ ไม่ศรัทธา ต้องทูลเชิญเจ้านายหลายพระองค์ มารับการรักษาเป็นแบบอย่าง   เมื่อการรักษาเป็นผลสำเร็จจึงเป็นที่ยอมรับ ...ต่อมา พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นไชยนาทนเรนทร ผู้บัญชาการราชแพทยาลัย (โรงเรียนแพทย์)  ได้ทรงโน้มน้าวพระทัย สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช กรมขุนสงขลานครินทร์ (สมเด็จพระมหิตลา- ธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก) ให้สนพระทัยวิชาแพทย์ จนได้เสด็จไปศึกษาต่อต่างประเทศ และสำเร็จการศึกษาแพทยศาสตรดุษฎีบัณฑิตเกียรตินิยมจากมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ประเทศสหรัฐ อเมริกา ซึ่งพระองค์ได้ทรงดำเนินการหลายสิ่งหลายอย่างจนมีการยกระดับ การศึกษาแพทย์ถึงขั้นปริญญาด้วย  ความร่วมมือของ มูลนิธิร็อกกิ เฟลเลอร์ ทรงเตรียมทั้งบุคลากร เครื่องมือ และ พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ เป็นทุนการศึกษาแก่ แพทย์ พยาบาล และอื่นๆ เป็นการพัฒนาการแพทย์และโรงพยาบาลศิริราชให้ก้าวหน้าทัดเทียมอารยประเทศจนได้รับการถวายพระสมัญญานาม ว่า “พระบิดาแห่งการแพทย์แผนปัจจุบัน ของไทย”