ความคิดที่จะจัดตั้งศูนย์โรคหัวใจมีมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2501  จากความคิดของอาจารย์หลายท่านในขณะนั้นว่า ถ้าจะมีการรักษาโรคหัวใจได้ดีโดยเฉพาะเรื่องผ่าตัดหัวใจ (ซึ่งเริ่มต้นเมื่อปี พ.ศ. 2497) น่าจะต้องมีความร่วมมือจากแพทย์โรคหัวใจหลายฝ่าย  ซึ่งในขณะนั้นประกอบด้วย  ศาสตราจารย์นายแพทย์กษาน  จาติกวาณิช  นายแพทย์หม่อมราชวงศ์พัชรีสาณ  ชุมพล  นายแพทย์กัมพล  ประจวบเหมาะ  และ นายแพทย์ปรีชา  วิชิตพันธุ์  ได้เริ่มมีการประชุมร่วมกันสม่ำเสมอเพื่อพิจารณาคนไข้ที่จะทำการผ่าตัด  การดำเนินงานด้านวินิจฉัยโรคที่แน่นอนจำเป็นต้องอาศัยเทคนิคการสอดสายสวนหัวใจผ่านทางหลอดเลือดและการถ่ายภาพหัวใจด้วยเครื่องมือเอกซเรย์พิเศษ  ซึ่งในขณะนั้นยังขาดแคลนมากที่โรงพยาบาลศิริราชและจำเป็นต้องส่งผู้ป่วยบางรายไปรับการตรวจที่โรงพยาบาลราชวิถี โรงพยาบาลพระมงกุฎ  และโรงพยาบาลโรคทรวงอก  คณะแพทย์ดังกล่าวได้เสนอความคิดเห็นต่อคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลให้พิจารณาจัดตั้ง Cardiac Unit ขึ้นเพื่อประสานงานทางด้านโรคหัวใจของภาควิชาต่างๆ เข้าด้วยกัน เพื่อเป็นการประหยัดงบประมาณแผ่นดินและเพิ่มพูนประสิทธิภาพของงานให้ดียิ่งขึ้น   ศาสตราจารย์นายแพทย์สุด  แสงวิเชียร  คณบดีคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลในขณะนั้น  ได้อนุมัติตั้งศูนย์โรคหัวใจเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์  พ.ศ. 2512  ศูนย์โรคหัวใจได้จัดตั้งสำเร็จด้วยความพยายามจากอาจารย์แพทย์หลายท่านโดยมีศาสตราจารย์นายแพทย์กษาน  จาติกวณิช  เป็นประธานกรรมการ 

                ศูนย์โรคหัวใจได้เริ่มเปิดดำเนินการตั้งแต่วันที่  29  มิถุนายน  พ.ศ.2514  ซึ่งเป็นวันที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช  ได้เด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดตึก  72  ปี  ได้เสด็จพระราชดำเนินมาที่ศูนย์โรคหัวใจเพื่อทอดพระเนตรการแสดงนิทรรศการเกี่ยวกับโรคหัวใจ  โดยใช้สถานที่ส่วนหนึ่งของตึก  72  ปี  ชั้น  2  เป็นที่ทำการของศูนย์โรคหัวใจ  ซึ่งมีพื้นที่เพียง  100  ตารางเมตร  อย่างไรก็ตามศูนย์โรคหัวใจก็ยังขาดแคลนเครื่องมือเครื่องใช้อีกมากและในบางครั้งเครื่องมือเสีย  ต้องนำผู้ป่วยไปรับบริการตามโรงพยาบาลต่างๆ  ตามที่กล่าวมาข้างต้น

ต่อมาเมื่อปี  พ.ศ. 2520-2524  รัฐบาลเยอรมันได้จัดส่งอาสาสมัครซึ่งเป็นวิศวกรอิเล็กทรอนิกส์มาประจำ 2 คน  เป็นระยะเวลาคนละ 2 ปี  มาปฏิบัติงานที่ฝ่ายวิศวกรรมศูนย์โรคหัวใจ โดยมาให้ความรู้  คำแนะนำและฝึกอบรมบำรุงรักษาและซ่อมแซมเครื่องมือเพื่อให้มีความพร้อมที่จะปฏิบัติงานได้ตลอดเวลา

ศูนย์โรคหัวใจได้เจริญรุดหน้าขึ้นตามลำดับมีปริมาณงานเพิ่มมากขึ้นทั้งทางด้านการให้บริการ การตรวจและรักษาผู้ป่วยโรคหัวใจ  การให้ข้อมูลข่าวสารทางวิชาการ  มีบุคลากรที่มีความชำนาญเพิ่มมากขึ้น  ในปี พ.ศ. 2532  ศูนย์โรคหัวใจได้รับงบประมาณพิเศษเป็นจำนวนเงินถึง  32,000,000  บาท  เพื่อจัดซื้อเครื่อง  Biplane Cineagiocardio-vascular system  เป็นเครื่องมือที่มีขนาดใหญ่และมีน้ำหนักมาก  ทำให้ไม่สามารถติดตั้งในพื้นที่เดิมได้  ดังนั้นศาสตราจารย์นายแพทย์ประดิษฐ์  เจริญไทยทวี  ขณะนั้นดำรงตำแหน่งคณบดีฯ  และศาสตราจารย์นายแพทย์อรุณ  เผ่าสวัสดิ์  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงพยาบาลศิริราช  ได้พิจารณาอนุมัติพื้นที่บริเวณตึก 84 ปี  ชั้น 1  รวมทั้งหมด 375 ตารางเมตร  เป็นที่ตั้งศูนย์โรคหัวใจ  โดยให้กรมโยธาเป็นผู้ออกแบบ  และปรับปรุงโครงสร้างของตึกเพื่อติตั้งเครื่องมือ  และเริ่มดำเนินการเมื่อเดือน ตุลาคม  พ.ศ. 2534  แต่การให้บริการของสำนักงานศูนย์โรคหัวใจ ทั้งด้านวิชาการ  การวิจัย  การให้บริการการตรวจและรักษายังขยายต่อไปอย่างไม่หยุดยั้ง  จึงมีความจำเป็นต้องปรับปรุงสำนักงานศูนย์โรคหัวใจเพื่อให้บริการได้มากขึ้น   ด้วยความคิดริเริ่มของศาสตราจารย์นายแพทย์ประดิษฐ์  เจริญไทยทวี  ได้นำโครงการศูนย์โรคหัวใจเข้าบรรจุในแผนพัฒนาอุดมศึกษา  ฉบับที่ 7  โดยสร้างอาคารใหม่ 15 ชั้น  เป็นสำนักงาน และเพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติ  สมเด็จพระนางเจ้าฯ  พระบรมราชินีนาถ  ในวโรกาสมหามงคลสมัยทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ  ได้กราบบังคมทูลขอพระราชทานนามอาคารเพื่อเป็นสิริมงคล  จากสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถซี่งทรงมีพระมหากรุณาธิคุณพระราชทานนามอาคารนี้ว่า  “ ศูนย์โรคหัวใจสมเด็จพระบรมราชินีนาถ ”  และปรับปรุงการบริหารงานศูนย์โรคหัวใจฯ ให้เป็นหน่วยงานการเรียนการสอนโรคหัวใจในระบบสหสาขาวิทยาการ  โดยมีฐานะเทียบเท่ากับภาควิชาและเปลี่ยนชื่อเป็น  “ สำนักงานศูนย์โรคหัวใจสมเด็จพระบรมราชินีนาถ ”  ตั้งแต่วันที่  1  ตุลาคม  พ.ศ. 2534  เป็นต้นมา

ในการจัดสร้างอาคารฯ ดังกล่าว  ไดรับพระมหากรุณาธิคุณจากพลเอกสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช  เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ์  สยามมกุฎราชกุมาร   เป็นองค์ประธานอำนวยการคณะกรรมการสร้างอาคารในเวลาต่อมา  และจัดพิธีวางศิลาฤกษ์ขึ้นอย่างเป็นทางการ  ในวันที่  18  สิงหาคม  พ.ศ. 2537  โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ  เสด็จพระราชดำเนินมาประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารศูนย์โรคหัวใจสมเด็จพระบรมราชินีนาถ การดำเนินงานก่อสร้างได้ดำเนินการอย่างต่อเนื่อง  และดำเนินการก่อสร้างเสร็จในต้นปี  พ.ศ. 2542

เมื่ออาคารศูนย์โรคหัวใจสมเด็จพระบรมราชินีนาถเสร็จสมบูรณ์ทุกชั้นแล้ว  จะเป็นศูนย์โรคหัวใจระดับชาติและทันสมัยที่สุดในประเทศไทยและในเอเชียอาคเนย์