คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลจัดตั้งศูนย์วิจัยคลินิกศิริราชตั้งแต่ พ.ศ 2546 เพื่อสนับสนุนส่งเสริมกิจกรรมต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับงานวิจัย ทางคลินิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งการวิจัยเชิงพาณิชย์ที่เกี่ยวกับการวิจัยและพัฒนาผลิตภัณท์สุขภาพ การดำเนินงานของศูนย์วิจัยคลินิกศิริราชในปัจจุบัน เป็นการดำเนินงานร่วมกับหน่วยงานทั้งภายในและภายนอกคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ตลอดจนหน่วยงานจากภาครัฐและเอกชน ทั้งในประเทศและต่างประเทศ