พื้นที่ปากคลองบางกอกน้อยหรือแม่น้ำเจ้าพระยาเดิม เป็นชุมชนมาแต่โบราณที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์ตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ธนบุรี และรัตนโกสินทร์ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้สร้างโรงศิริราชพยาบาล โรงเรียนแพทย์และสถานีรถไฟสายใต้ บริเวณนี้จึงเป็นศูนย์รวมกิจกรรมด้านการแพทย์และชุมทางคมนาคมที่สำคัญ ทั้งยังมีภูมิทัศน์ที่สวยงามแห่งหนึ่งของกรุงเทพมหานคร เปรียบประดุจหัวแหวนของคุ้งน้ำอาคารสถานีรถไฟธนบุรีนั้นเป็นสถาปัตยกรรมที่ทรงคุณค่างดงามที่กรมศิลปากรจัดให้เป็นอาคารอนุรักษ์ เมื่อคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลเริ่มดำเนินการก่อสร้าง ได้ขุดพบหลักฐานทางโบราณคดี พบฐานป้อม ชิ้นส่วนของเรือขนส่งขนาดใหญ่ รวมทั้งข้าวของเครื่องใช้สมัยโบราณอันเป็นหลักฐานสำคัญ
ทางประวัติศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลจึงเตรียมการอนุรักษ์และจัดแสดงตามพระราชวินิจฉัยของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราช
กุมารี โดยพัฒนาภูมิทัศน์พื้นที่ริมน้ำ ตลอดจนอนุรักษ์อาคารสถานีรถไฟธนบุรีให้เป็นพิพิธภัณฑ์ เพื่อจัดแสดงกิจการรถไฟไทยสายใต้ พิพิธภัณฑ์วังหลัง ชุมชนบางกอกน้อย และพิพิธภัณฑ์ทางการแพทย์เมื่อการก่อสร้างแล้วเสร็จโดยสมบูรณ์ พื้นที่ที่เป็นรอยต่อระหว่างแม่น้ำ เจ้าพระยาและคลองบางกอกน้อย จะเป็นสถานที่ตั้งของพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ และพิพิธภัณฑ์ทางการแพทย์ที่สำคัญแห่งใหม่ของกรุงเทพมหานคร มีพื้นที่สีเขียวรปรับภูมิทัศน์โดยรอบให้สวยงาม สวนสมุนไพรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทางเดินเลียบแม่น้ำ สวนสาธารณะที่ร่มรื่นด้วยต้นไม้ใหญ่น้อยสำหรับผู้ป่วย บุคลากร และประชาชนทั่วไปได้ออกกำลังกายพักผ่อนหย่อนใจ รวมทั้งมีพื้นที่สำหรับจัดกิจกรรมต่างๆ ที่เป็นประโยชน์ต่อชุมชน
ส่วนของพิพิธภัณฑ์ จัดแสดงตามหัวข้อดังนี้
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
๑. ประวัติศาสตร์ความเป็นมาของวังหลัง
๒. ฐานป้อม และโบราณวัตถุ
๓. เรือโบราณ และวิถีชีวิตชุมชน ตามแนวคลองบางกอกน้อย
๔. พระมหากรุณาธิคุณต่อโรงพยาบาลศิริราชและการรถไฟ
๕. วิวัฒนาการของโรงพยาบาลศิริราชและรถไฟสายใต้
รวมทั้งภัยพิบัติจากสงครามมหาเอเชียบูรพา
๖. ประวัติและวิวัฒนาการของการแพทย์ไทย
๗. สมุนไพร และการใช้ประโยชน์ต่างๆ